El clima en Imbabura es variado va desde un seco y muy seco en la hoya del Chota, pasa por uno mediterráneo y templado seco en Ibarra, por un frío y de páramo en los Andes, un clima continentalizado húmedo en Otavalo y Cotacahi, hasta un templado subtropical húmedo de tierras altas en el oeste y noroeste de la provincia, así la temperatura promedio en Ibarra es de 21 grados, en Atuntaqui de 18 grados, en Otavalo de 13 grados, en Cotacachi de 11 grados y en Salinas de 25 grados, la Selva de Cayapas en el oeste es de 27 grados, las precipitaciones en la Hoya del Chota (incluida Ibarra) son de 340 a 670 mm. anuales, mientras en la Selva de Cayapas e Intag es de 1.200 a 3.000 mm. anuales por estar en la Bioregión del Chocó.
El clima anual se divide en 3 partes, la etapa seca que va desde junio hasta principios de septiembre, la época estival de principios de septiembre a mediados de febrero, y la húmeda de finales de febrero a mayo.